肠道菌群变化显著。他
拟杆菌比例从25%上升到
58%，翻1倍，而厚壁菌从70%下降倒38%。双歧杆菌比例也下降
半。重要是，他肠道菌群多样性大大降低，仅仅3天之后，可检测到肠道菌群种类就减少40%。总说来，肠道细菌更活跃地消化脂肪、引发炎性反应，并且对胆囊分泌胆汁酸产生抗性。几天时间里，他肠道菌群就从与
们前面提过健康委内瑞拉农民相似，变成与普通美国人样。在这种饮食下几种少见细菌大量繁殖，其中种名为劳特洛普氏菌（Lautropia），这种细菌常见于免疫缺陷病人体内。1个星期后，他肠道菌群仍然不正常，但开始慢慢恢复。
哈佛研究团队开展项为期较短但更严密研究，6名实验室志愿者在3天时间里食用包含香肠、肉类、鸡蛋和奶酪在内但不含碳水化合物和食物纤维高脂高蛋白饮食。特别是，志愿者中有名素食者，他为实验才开始吃香肠和汉堡。2天之内，他体内发生变化更为明显。和汤姆样，他拟杆菌比例大幅上升，厚壁菌比例下降，而且素食者体内数目较多、反应饮食中食物纤维多少普雷沃氏菌属（prevotella）明显减少。[121]
这些短期但极端实验表明食用垃圾食品影响——肠道菌群种类减少近半。但遗憾是，许多人每天都在拿自己身体做同样实验。这些实验也表明，改变自己肠道菌群组成比们认为更容易，只需要几天就够。改变肠道菌群会生成系列新代谢产物和化学物质，产生比脂肪和糖直接作用更为深远影响。令人欣慰是，肠道菌群适应性很强，可以部分逆转垃圾食品带来负面效应。
有毒食品和快餐鼠
波士顿个研究团队开展项实验，用和巨无霸汉堡成分相似液态食物喂养小鼠，比较它们肠道菌群与正常饮食小鼠有何区别。两组小鼠都可以敞开肚皮进食。不出所料，快餐饮食组小鼠体重增加更为显著，特别是风险很高内脏脂肪水平。除肠道微生物组成差异，快餐小鼠还处于明显促炎症反应状态（pro-inflammatorystate），这意味着身体细胞处于应激状态，传递信号增强机体免疫反应并使细胞壁通透性增大。[122]短暂应激状态是正常，但如果处于持续应激状态则对健康有害。另些啮齿动物实验也表明高脂高糖饮食会引起炎性改变，增加肠壁通透性，从而利于肠道微生物和化学分子进入血液循环。[123]
许多加工食品中含有危险脂肪、糖和盐组合，以及大
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