李鸿章接旨后，即递上奏折，强烈建议曾国藩回任，因为“剿捻全军专恃两江之饷，若经理不得其人，全局或有震恐”(88)。自己在前督师，曾国藩在后筹饷，患难与共，休戚相关，若接替人选不当，诚恐呼应不灵。因此朝廷遂命曾国藩回两江总督本任。
曾国藩不愿意这样做。曾国藩自己
想法，是以散员“留营以维系军心”(89)，与军事相始终。曾国藩是
个做事追求有始有终人，既然“剿”捻，就定要坚持到最终胜利。劳师
河之策本身错误造成。他需要只是时间。
但是清z.府却不给曾国藩足够时间。这个决定，是慈禧做出。朝廷现在已经不是慈禧和恭亲王联合主政，而变成慈禧个人专政。
原来同治四年（1865）三月，就在曾国藩出征前不久，慈禧在朝中发起
场“小政变”：她亲拟诏旨，革去恭亲王奕议政王和其他切差使。
祺祥政变之初，慈禧没有自己势力，也不熟悉政务，所以把国家大事几乎全权委托给奕。奕明敏有才，因此军事大事布置得井井有条，出现同治中兴大好局面。然而慈禧翅膀硬之后，压抑不住争权夺势本能，故有此举。
慈禧此举扭转祺祥政变以来蒸蒸日上步入正轨朝局。后来虽恢复奕首席军机大臣职务，但议政王称号却从此取消，再也没有恢复。“尤为重要是，经过这次打击，奕在那拉氏面前完全屈服下来，处处谨慎，遇事模棱，不敢轻易表示异同，在统治阶级中威望和影响也渐趋衰微。”(86)
朝局因此渐渐走向平庸昏乱。在曾国藩“剿”捻期间，慈禧经常瞎指挥。曾国藩在与友人书信中，更以治病求医为喻，对此痛下针砭：
夫未病之时，桓公遇扁鹊，弗之信也。既病之后，又委诸庸医，施治失序，针药杂试，攻伐溃乱，乃别求新医而试之。则疗治之疾徐甘苦，宜听新医家主张，而他人不得道谋。乃病家之妇孺臧获，竟欲掉舌伸指，指麾新医，使听命焉。虽俞、扁亦难为功，况智识短浅不如俞、扁者乎？(87)
信中之“新医”，乃曾国藩自况，而病家之指手画脚“妇孺臧获”，则影射太后、小皇帝与其周围奴才们，厌烦之情，溢于言表。慈禧小政变之后，曾国藩对她直表现出种反感情绪。
慈禧和咸丰样，对军事贯是急于求成，对僧格林沁如此，对曾国藩依然如此，有挫败，就想换人。因此才有曾李互易之举。这就让做事贯坚持到底曾国藩不得不接受半途而废局面。
李鸿章北上之时，朝廷并未指明由何人接任两江总督。朝廷上谕要求曾氏病愈后上京陛见，实际上含有另行安置之意。
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