丹增达赖随即攻占
日喀则和拉萨，继位为和硕特汗国
第二代大汗达赖汗。
他为报父亲被五世达赖攻杀之仇，即以五世达赖行为不端为理由，将其废除，另外从前藏地方贵族中挑选合适人选作为六世达赖。
但这也造成雪区僧俗各界有力贵族对达赖汗政权抵制，地方上因此叛乱不断，达赖汗忙于四面弹压地方贵族叛变，无力整合从青海败退下来和硕特余部残兵。
四川方面顺军趁机大举西进，由经略使苗里琛指挥部将贺珍、白文选、武大定等人兴兵攻伐西康，消灭当地残余和硕特余部，军至巴塘后刻碑纪石后方返回四川。
在青海
带，坐镇西宁征虏大将军郭君镇听闻西藏内乱情况后，便立即派遣米剌印和熟悉青海道路前明总兵马科，起率领精兵八千人，自青海急速入藏。
五天，奔袭千余里，直捣敌穴，擒斩固始汗，创下殊功，因此封侯。
而占领西藏地区和硕特汗国经此役，损失惨重，特别是固始汗遭到顺军俘杀，直接造成和硕特汗国大规模内部纷争。
固始汗当初将八个儿子留在青海，护卫汗国，建立八台吉军队，将青海划分为左右两翼。
如今左右两翼兵力都遭到大顺军毁灭性打击，基本上被尽数歼灭，和硕特蒙古势力从青海地区全盘退出。
和硕特汗国势力范围就此退缩到西藏隅之地，可是西藏政教大权都握于达赖系统和第巴系统手中，汗廷系统主要掌握军事力量而已。
大顺军沿途招徕雪区贵族，熟
如今和硕特汗廷军事力量瓦解，原本达赖掌宗教和财经，第巴掌行政，汗廷掌军事平衡结构就被破坏。
和硕特汗国本就是蒙藏二元维持统治体系，汗国是蒙古贵族领导，但是里面有格鲁派领袖为宗教领导，形成二元关系。本来，固始汗汗国打败藏巴汗，救格鲁派，把他们获得在西藏政治领导层地位，但是五世达赖喇嘛系统不安于翻身，而且要获得最高权力。
如今固始汗被顺军俘杀，和硕特汗廷军事力量和威望都遭到沉重打击。达赖系统为夺取西藏政教大权，立即起兵作乱，攻杀固始汗长子达延鄂齐尔，不久达延鄂齐尔之子丹增达赖又从西康杀回西藏。
丹增达赖间道疾驰，跨越荒无人烟山区，任驮马冻饿而死，艰苦耐劳蒙古将士们还是挺过这段艰难路程，以神兵天降姿态突然出现在五世达赖面前。
藏军猝不及防，虽然占有兵力优势，可是骁勇善战蒙古兵行军千里，抛弃切辎重，人人都知道旦战败，绝无回家之路，因此士气高昂，死战不止，竟然举将人数倍于本方藏军彻底击溃。
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