但是由于孙可望从云南撤出完全在计划之中，明军除
艾能奇
部有意被孙可望抛弃，以实现他个人在后西明政权内部
独霸地位以外，整体主要战力，几乎全数都完整撤到缅甸，没有遭到多大损失。
缅甸本土反抗势力，对后西明朝廷虚弱不堪流言深信不疑。他们误以为孙可望运气已经到头，当即便在顺朝未作出反应以前，便集结大量兵马，以五万兵力号称二十万大军反叛，掀起天法三年时上缅甸全境大起义。
经过约年经营以后，孙可望已经将后西明朝廷老营家眷三十万人迁至缅甸，转移到上缅
南窜缅甸孙可望，兵锋继续向各地发动扩张和劫掠性质战争。他重点打击目标是缅甸本地佛寺僧侣势力，对于拥有武装力量缅甸封建主们，则采取百般拉拢措施。
孙可望分化打击，对后西明在缅甸迅速站稳脚跟起到很大作用。他日夜习读从北方传来种种顺朝文书法令，学习李来亨布置改革，并从中拣选出可供后西明政权使用策略。
孙可望深知后西明朝廷身处海外异邦，面临是举国皆敌情势。所以明军除打着天主教旗号，对所遇佛寺皆焚掠洗劫以外，对于般民众及封建主豪强武装，都采取井水不犯河水态度。
明军保持着严格纪律，绝不劫掠般百姓。
由于后西明从云南撤离时候，是井井有条做好充分转移准备。所以孙可望得以带走他积蓄在云南云、贵、川三省公私府库积蓄，这也使得缅甸后西明政权，在财政上状态十分宽裕。
不至于因为饷粮问题，而同本地百姓及封建主势力撕破脸皮。
只是为安置后西明老营家眷俘虏，还有酬谢配合明军军事行动本地华商势力，孙可望在毁灭大批佛寺同时，也将寺社占据土地均分给老营家眷、缅甸华人及本土贫民，借此获得第批本土支持者。
从佛寺中缴获大批金银财宝，除拿给葡萄牙冒险家们，用于向西方殖民者采购燧发枪和新式红夷炮外，便是用来贿买缅甸封建主，使其不至于同明军作对添乱。
孙可望大约花四个月时间，初步完成这些安定缅甸各地措施。虽然忠于王室封建主势力叛乱规模依旧很大，但明军保持有绝对武力优势，孙可望对此进行残酷弹压，并继续实行其没收寺社财产严酷措施，以求通过金银赏赐贿买本地封建主们效忠。
只有在明军彻底放弃云南以后，部分缅甸封建主得知这重大消息后，即遣使同顺朝联系，面请求大顺出兵入缅恢复王室，面在缅甸国内大肆宣扬明军在云南大败消息，酿成次规模最为浩大反抗运动。
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