这件事情就这样有惊无险地被压
下去，可是方以智受此影响，更加不敢重新出山做官。直到他
东林前辈史可法被周延儒推荐为徐州剿总以后，随着东林
系势力全面复起，方以智才受邀到徐州任幕僚之职。
“方相公，到码头喽！”
船只已经驶到运河码头边上，河水荡漾，波光粼粼，码头边上挤满大小不、形式各异船只。片片云帆簇成团，帆布、船桨、甲板上污渍，还有拉纤船夫吆喝号子声，下子就将运河城市繁忙、热闹、拥挤和兴旺挤进方以智眼中。
河水流动得十分平稳，但两
徐州千里之遥，这也不是东虏第次破边墙入关，朝廷总归能够像往年那样把事情解决掉。”
两年前方以智终于考中进士，得以上京参与政要。可是不久他父亲湖广巡抚方孔炤就因为夷陵州之败，被杨嗣昌弹劾而至z.sha身亡，方以智受此打击，意气消沉，选择回桐城老家丁忧。
他在桐城丁忧守制这两年里，依旧关心天下政事，常常和复社好友们互通书信，也没有放下格物学问研究。
这中间还发生桩半真半假“桐城方氏通贼逆案”，这桩案件是源头起自于阮大铖揭发。
阮大铖也是桐城人，算得上是方以智“乡先辈”，但他是魏忠贤阉党余孽，崇祯初即被列入“逆案”名单。后来东林党系士人，共同起草旨在驱逐阮大铖宣言《留都防乱公揭》。
公揭以东林党创始人顾宪成之孙顾杲以及黄宗羲为首署名，共计百四十人。阮大铖在千夫所指之下，被迫隐居到南京城外牛首山，不敢进城。
尽管方以智当时刚刚返回桐城老家，秋后才重来南京应试，未曾在揭贴上署名。可是阮大铖联系种种事端，坚持认为公揭出于方以智主谋，因此怨毒更深，从此记恨上桐城方氏。
闯逆入楚以后，天下剧贼除闯、献、曹三个渠首巨寇以外，又多出个号称“李公子”、“少虎帅”小李贼。这个小李贼出没荆襄蕲黄之间，祸害衣冠士绅，手段极为残,bao恶毒，坊间传闻他谋主黑秀才就是已故湖广巡抚方孔炤侄儿方以仁。
阮大铖获知这情况后，就四处明察暗访，经过周密调查以后，他断定“楚闯”军师方以仁就是方以智那个本应该已经在夷陵“就义”堂兄。
他抓住这个把柄，试图用桐城方氏里通闯贼逆案把东林党、复社派势力彻底击垮。可是方以仁早年“就义”，是早就被杨嗣昌和崇祯皇帝确认过事实，刚好这时候又发生崇祯隆重祭奠洪承畴“殉国”却被打脸惨案，朝廷又如何能够允许阮大铖重新翻方以仁案，再让皇上被打次脸？
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