原本
执政官已经死去，现在新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊
筹，表面上风平浪静，实际上高层局势已经是乱成团。
罗舟原本队员只有名跟他同冬眠、同苏醒，其他队员或者是病死，或者是老死，或者是在和虫族战斗中死去，都已经离开
人世。
不过罗舟很快就被分配新队员，作为名曾经立下过不朽功勋军士长，罗舟在军营中受到极大尊重。
这方面在游戏中有非常直观提现：军营中所有人都对罗舟毕恭毕敬，而且在商人那边购物也可以享受很不错折扣。
而后，罗舟恢复士兵身份，再度率领自己小队出发前往地表进行探索工作。
派计划。
这次战斗内容是次比较长电影化流程，全都是在星际战舰所在场景进行。
在星际战舰外，严禁大型作战武器进入禁区，但还是有大量叛军通过种种方式混进来。这些叛军目就是夺取星际战舰叛逃，罗舟小队和其他战士们在星际战舰内部跟叛军激烈交火，并最终将他们全都消灭。
不过在战斗最后，恼羞成怒叛军孤注掷，使用特殊生化武器，虽然战斗最终结束，但罗舟和很多士兵都遭受重创。
执政官决定让这批战士进入冬眠，并通过机械义肢等新技术修复他们身体，让他们在未来某个时间再度复活。
回到地表之后，罗舟才发现原本熟悉场景已经发生翻天覆地变化。
万多米行星发动机早已经完全建成，以前还只是个空架子，现在已经变成座硕大钢铁山峰，还在喷射
虽然这次成功瓦解飞船派图谋，但执政官意识到这很可能只是次试探，真正飞船派组织隐藏得定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠战士份特殊使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。
第三阶段内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家情绪，各种大场面营造让玩家肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶叛军、队友负伤、爆炸和混乱场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家情绪，让第二阶段被压抑情绪得以释放。
第四阶段内容，是罗舟冬眠结束后剧情。
自从主角冬眠之后已经过去数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生天翻地覆变化。
在冬眠中心服务人员引导下，罗舟领到新防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入地底，外面世界也已经发生翻天覆地变化。
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